La gobernanza del CISPAC se asienta en unos principios básicos que inspiran sus actividades, atribuciones y producciones:

• Mantener una libertad académica e investigadora plena, tanto en la investigación básica como aplicada, coherente y responsable en el marco de la Agenda Científica del centro y realizada de acuerdo con los principios éticos y deontológicos exigibles.
• Preservar la autonomía del Centro, junto con el compromiso de la transparencia y la rendición de cuentas públicas, tanto desde el punto de vista económico como en todo lo relativo al impacto social de las actividades que se promueven.
• Fomentar la misión académica de excelencia en la investigación, en la formación y en la transferencia de conocimientos al entorno productivo y al territorio.
• Garantizar una rigurosa selección del personal investigador vinculado, en función de sus méritos, promoviendo una evaluación continua, garantizada por medio de sistemas objetivos y órganos consultivos externos.
• Promover una participación significativa y objetiva de sus miembros, así como de sus asesores externos, respetando los principios de gobernanza abierta.
• Asumir los principios de sustentabilidad en sus actuaciones.