A dirección  científica do CISPAC está representada por un PDI pertencente á universidade da Coruña, de Santiago de Compostela ou de Vigo, con vinculación permanente, que pode manter as súas funcións ata un máximo de dous mandatos.  Entre as súas encomendas, destácase a representación institucional e externa do CISPAC e o impulso da actividade científica e de transferencia de coñecemento do centro.

A dirección científica executiva está representada por un membro investigador do centro, elixido entre todo o seu persoal vinculado, que asume, por delegación da dirección científica do centro, a presidencia de órganos consultivos e a execución coordinada dos seus acordos, entre outras funcións de cooperación, asistencia e acompañamento directivo.

A secretaría do centro está representada por un membro da comunidade investigadora vinculada ao centro, podendo asumir, entre as súas funcións, ademais da cooperación na acción directiva, labores de secretariado xeral, como son as de facer actas e fe pública dos actos acordados polos órganos executivos, ou a custodia do arquivo e documentación legal.

O Comité científico é o órgano de representación que expresa a vontade da comunidade investigadora do CISPAC, estando participado pola dirección científica do centro, por tres membros investigadores vinculados con carácter permanente a algunha das tres universidades participantes e un membro investigador do CISPAC con vinculación non permanente, elixido entre o seu persoal vinculado por sufraxio directo.